Основной костяк студии составили сотрудники студии "Topcraft", ранее работавшей как субподрядчик американской студии "Rankin-Bass", а потом нанятой Миядзаки и Такахатой для создания фильма "Навсикая из Долины Ветров". Президент "Topcraft", Хара Тору, до 1991 года был президентом "Studio Ghibli".

В отличие от других аниме-студий, в основном занимающихся производством ТВ-сериалов и OAV, эта студия создавалась только для производства высококачественных полнометражных аниме-фильмов, что в условиях острой конкуренции на рынке Японии очень рисковано - если проект провалится, то фирма сразу обанкротится. Но Миядзаки и Такахате сопутствовал успех - все их фильмы окупили себя, а большая их часть стала блокбастерами.

Миядзаки создал на "Studio Ghibli" следующие фильмы (кроме упомянутой выше "Лапуты"): "Наш сосед Тоторо", "Ведьмина служба доставки", "Порко Россо", "Принцесса-мононокэ", "Сэн и Тихиро, унесенные духами" [Sen to Chihiro no Kamikakushi] (2001), а также видеоклип видеоклип на песню J-POP группы "Chage&Aska" "На старт!" [On Your Mark] (1995).

Такахата создал на "Studio Ghibli" следующие фильмы: "Могила светлячков", "Сочащиеся воспоминания", "Война тануки в периоды Хэйсэй и Помпоко", "Чирик-чирик, наши соседи - семья Ямада".

Единственный неудачный проект "Studio Ghibli" - ТВ-фильм "Здесь слышен океан" режиссера Мотидзуки Томоми по мотивам манги Химуро Саэко. Миядзаки и Такахата решили попробовать "дать дорогу молодым" и пригласили на студию Мотидзуки, известного мастера любовных аниме-драм. Художественно проект удался, но вышел за пределы бюджета и расписания - сотрудники "Studio Ghibli" не привыкли "срезать углы" так, как это принято в ТВ-производстве. В результате фильм себя не окупил и похоронил идею инвестиций студии в телевизионный рынок.

Вторая попытка "дать дорогу молодым" была более успешной - полнометражный фильм Кондо Ёсифуми "Шепот сердца" получился весьма удачным. Однако к "молодым" 45-летнего Кондо, бывшего до этого главным аниматором студии, можно было отнести лишь с изрядной долей натяжки.

В результате "Studio Ghibli" так и осталась студией двух режиссеров и их блестящей команды. Чтобы исправить это положение, Миядзаки и Такахата в апреле 1995 года открыли "East Koganei Village School of Animation" для воспитания своей смены. Директором школы стал Такахата.

В 1997 году Миядзаки объявил, что он уже слишком стар для того, чтобы самому снимать коммерческие аниме-фильмы. Да и нужно "освобождать дорогу молодым". Поэтому он основал студию "Senior Ghibli" для создания некоммерческой и экспериментальной анимации, а саму "Studio Ghibli" оставил на Такахату, который собирается, в частности, активнее внедрять в анимацию новейшие компьютерные технологии. Тем не менее, пока что Миядзаки, уйдя с руководящих постов, никак не бросит создание коммерческой анимации...

Кстати, "Ghibli" была одной из первых японских фирм, начавших активно использовать в анимации компьютеры.